Ziwei Xue

生物信息学博士 | 联合博士后研究员,任职于 欧洲分子生物学实验室(EMBL) 与 德国癌症研究中心(DKFZ) (2026 年 10 月起) 📧 ziwei.21@intl.zju.edu.cn

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关于我

我在 浙江大学爱丁堡大学联合学院(ZJU-UoE)获得生物信息学博士学位,将于 2026 年 10 月起在 EMBL 和 DKFZ 开展联合博士后研究。我的研究兴趣是多组学数据分析,重点开发机器学习和深度学习方法,以深入理解癌症及自身免疫性疾病中免疫细胞的表型多样性。我致力于整合不断增长、日益多样化的高通量测序数据,涵盖基因组学、转录组学、蛋白质组学和免疫组学等模态,以及群体、单细胞和空间等尺度,从而全面解析疾病背景下免疫系统的动态变化。

教育与任职经历

2026 年 10 月

博士后研究员, EMBL 与 DKFZ ,德国海德堡

2021 - 2026

生物信息学博士,浙江大学爱丁堡大学联合学院 , 浙江大学,中国海宁

2017 - 2021

学士 ,生物医学专业,浙江大学爱丁堡大学联合学院 , 浙江大学,中国海宁

2014 - 2017

深圳中学

学术论文

  1. Patterns journal logo

    DestinyNet: A deep learning framework integrating lineage tracing and single-cell sequencing information for fate clustering, flow, and prediction

    Liu, Z.*, Jiang, S.*, Hu, T.*, Xue, Z.*, Chen, Y., Ruan, D., Xia, H., Feng, Y., Hao, J., Li, W., Zhou, T., Fang, B., Wu, J., Liu, W.# (2025) Patterns, 7, 101471.

    DestinyNet 是面向谱系追踪单细胞 RNA 测序数据的多任务深度学习框架,可在多种数据集中实现细胞命运聚类、流向分析和预测。
  2. Cell Discovery journal logo

    A pan-disease and population-level single-cell TCRαβ repertoire reference

    Xue, Z., Wu, L., Gao, B., Tian, R., Chen, Y., Qi, Y., Dong, T., Bai, Y., Zhao, Y., He, B., Wang, L., Liu, Z., Yao, J., Lu, L.#, Liu, W.# (2025) Cell Discovery, 11, 82.

    跨疾病和人群开展全面的单细胞 T 细胞受体(TCR)库分析,深入理解免疫细胞的多样性与功能。
  3. Nature Communications journal logo

    Integrating cross-sample and cross-modal data for spatial transcriptomics and metabolomics with SpatialMETA

    Tian, R., Xue, Z., Chen, Y., Qi, Y., Zhang, J., Yuan, J., Ruan, D., Lin, J., Liu, J., Wang, D., Ye, Y., & Liu, W.# (2025) Nature Communications, 16, 8855.

    整合多个样本及模态的空间转录组与代谢组数据,为多组学分析提供系统框架。
  4. Nature Reviews Cancer journal logo

    scAtlasVAE: a deep learning framework for generating a human CD8+ T cell atlas

    Xue, Z. (2025) Nature Reviews Cancer, 25, 319.

    利用深度学习从单细胞数据构建全面的人类 CD8+ T 细胞图谱,系统刻画 T 细胞多样性与功能。
  5. GPB journal logo

    Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data

    Tian, R.*, Yu, Z.*, Xue, Z., Wu, J., Wu, L., Cai, S., Gao, B., He, B., Zhao, Y., Yao, J., Lu, L., Liu, W.# (2025) Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 22, qzae086.

    全面评估从单细胞 RNA 测序数据重建 T 细胞受体序列的不同计算方法。
  6. Nature Methods journal logo

    Integrative mapping of human CD8+ T cells in inflammation and cancer

    Xue, Z.*, Wu, L.*, Tian, R., Gao, B., Zhao, Y., Bing, H., Zhao, B., Li, Y., Zhu, K., Wang, L., Yao, J.#, Liu, W.# & Lu, L.# (2025) Nature Methods, 22, 435-445.

    利用多模态单细胞数据,整合解析炎症和癌症背景下的人类 CD8+ T 细胞状态。
  7. Mobile DNA journal logo

    CRISPR-TE: a web-based tool to generate single guide RNAs targeting transposable elements

    Guo, Y.*, Xue, Z., Gong, M., Jin, S., Wu, X. & Liu, W.# (2024) Mobile DNA, 15, 3.

    用于设计靶向转座元件的 CRISPR 向导 RNA 的在线平台,助力功能基因组学研究。
  8. Nature Communications journal logo

    Comprehensive assessment of mRNA isoform detection methods for long-read sequencing data

    Su, Y.*, Yu, Z., Jin, S., Ai, Z., Yuan, R., Chen, X., Xue, Z., Guo, Y., Chen, D., Liang, H., Liu, Z., Liu, W. (2024) Nature Communications, 15, 3972.

    系统评估利用长读长测序数据检测 mRNA 异构体的计算方法。
  9. iScience journal logo

    MSdb: An integrated expression atlas of human musculoskeletal system

    Tian, R.*, Xue, Z.*, Ruan, D., Chen, P., Xu, Y., Dai, C., Shen, W., Ouyang, H., Liu, W., and Lin, J. (2023) iScience, 26, 106933.

    整合多组织、多细胞类型转录组数据,构建人类肌肉骨骼系统的综合表达图谱。
  10. Nature Communications journal logo

    Selective binding of retrotransposons by ZFP352 facilitates the timely dissolution of totipotency network

    Li, Z., Xu, H., Li, J., Xu, X., Wang, J., Wu, D., Zhang, J., Liu, J., Xue, Z., Zhan, G., Tan, B.C.P., Chen, D., Chan, Y-S., Ng, H.H., Liu, W., Hsu, C-H., Zhang, D., Shen, Y. & Liang, H. (2023) Nature Communications, 14, 3646.

    揭示 ZFP352 在细胞从全能性向分化过渡过程中调控逆转录转座元件的作用。
  11. NAR journal logo

    huARdb: human Antigen Receptor database for interactive clonotype-transcriptome analysis at the single-cell level

    Wu, L.*, Xue, Z.*, Jin, S., Zhang, J., Bai, Y., Jin, X., Wang, C., Wang, L., Wang, J.Q., Lu, L. & Liu, W.# (2022) Nucleic Acids Research, 50(D1), D1244-D1254.

    整合 T/B 细胞受体序列与转录组数据,支持免疫受体克隆型和基因表达的联合分析。
  12. Nature Communications journal logo

    Human reproduction is regulated by retrotransposons derived from ancient Hominidae-specific viral infections

    Xiang, X.*, Tao, Y., DiRusso, J., Hsu, F.-M., Zhang, J., Xue, Z., Pontis, J., Trono, D., Liu, W., and Clark, A.T. (2022) Nature Communications, 13, 463.

    揭示古老逆转录转座元件在人类胚胎发育与生殖中的调控作用。
  13. BBRC journal logo

    Identification of SRSF3 target mRNAs using inducible TRIBE

    Jin, S.*, Xue, Z.*, Zhang, J., Wang, Z., Zhang, J., Chen, D.#, Liu, W.#, Lin, J.# (2021) Biochemical and Biophysical Research Communications, 578, 21-27.

    应用 TRIBE 技术,系统鉴定剪接调控因子 SRSF3 的 mRNA 靶标。
  14. Bioinformatics journal logo

    RAD: a web application to identify region associated differentially expressed genes

    Guo, Y.*, Xue, Z., Yuan, R., Li, J., Pastor, W. & Liu, W.# (2021) Bioinformatics, 37, 2741-2743.

    通过基因组区域分析,识别具有空间和时间相关性的差异表达基因的在线工具。
*:第一作者或共同第一作者;#:通讯作者。


代码见 GitHub,完整论文列表见 Google Scholar。

学术报告与展示

第十四届全国生物信息学与系统生物学学术大会,中国南宁,2025 年 10 月 7–10 日 2025 年 10 月

受邀报告:AI 驱动的单细胞免疫组学整合揭示 T 细胞表型可塑性与 TCR 多样性

美国免疫学年会(AAAI) 2025 年 5 月

墙报: 泛癌单细胞与空间转录组的统一整合

人类细胞图谱亚洲会议 2024 年 12 月

墙报: 人类 CD8+ T 细胞在炎症与癌症中的整合图谱

墙报: 跨疾病、群体水平的单细胞 TCRαβ 受体库参考图谱

荣誉与奖励

2025

浙江大学竺可桢奖学金

2025

国家奖学金

2025

浙江大学国际校区先锋学子

2024

浙江大学博士生求是新星培养计划

2022, 2023, 2024, 2025

浙江大学优秀研究生

2022

浙江大学医学院学术墙报展

2022

浙江大学国际校区第一届交叉创新大赛


博客

Path to the new journey; Der Weg zur neuen Reise.
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